在一个主权国家之内实施诸多国家的法律，就会紊乱该国的法律体系，对该国的法律权威也会造成极大的威胁。
其次，在领事裁判权确立的初期，权利的行使较为混乱，领事官怎样行使权利也没有一个统一而又明确的程序规定。
领事官所采取的措施一般是根据其国家的行政指令、命令，而不是完全依照其国内法。由领事官代行法官职责就有可能在适用法律时出现不规范的情况，当然在那样的情形之下也不可能使判决达到公平、公正、效率。
尤其是美国，在较常的一段时间之内，其领事法庭不规范、商人领事制、法规不全的情况普遍存在；同时法庭中担任法官的领事多没有经过专门的法律训练。由商人来适用法律，其结果也就可想而知了。
而领事裁判权使在大清犯罪的外国人，无论其犯有多大的罪行，都要接受其国籍国的法律审判。
由于有领事的庇护，一些殖民者特别是鸦，片走私分子，更加有恃无恐地对大清进行多种方式的侵害活动。
从司法实践上来看，外国人在华犯罪，领事法庭的判决往往也是以无罪释放结案，使罪犯逍遥法外。
如1846年7月4日，英国商人康吞（Compton）为一果贩的尖声叫卖所烦扰，冲出其寓所，踢翻水果摊，赶走了叫卖者。
7月8日，一名叫邱奇（Church）的外国人也以同样的原因棒打一果贩，康吞也加入其中，把这一果贩打成重伤。数百名中国人为此而攻击英国商馆从而引起了一场风波，并造成极为严重的后果。
可即便如此，英国领事却以罚款的方式了结此案。
在一封英国外交部致康吞的信中说，政府完全同意这种罚款，唯一的遗憾就是由于对你的审判程序上的缺点而使得你逃脱了处罚。
一些传教士也利用可以到“内地游历、传教”的权利胡作非为。美国驻华公使蒲安臣也曾说：“合众国的权威曾被人嘲笑过，并且我们在国旗曾经被用来掩护所有在中国的流氓。”
当然不可否认，领事裁判权的出现以及发展完善，在客观上对大清传统法律观念的转变有一定的作用，也使大清旧式的法律形式和落后的法律意识遭到极大的冲击。
中国传统的法律文化就其思想内容而言具有鲜明的人治色彩，皇权至上、法自君出为其主要的表现形式；同时也具有“礼法结合”这种具有浓厚儒家伦理化色彩的特征。
从法律的表现形式、结构体系上看，中国的法律表现为“诸法合体、刑民不分”，这种状况一直延续至清末。
列强在中国获取领事裁判权往往借口中国法律野蛮、残酷。这种欲加之罪做法虽言过其辞，但也能折射出中国法律制度的落后，与西方法律制度的巨大差别。
随着领事裁判权在中国影响的加深，清政府的一些官员也意识到领事裁判权对中国的危害，曾有收回领事裁判权的尝试。
由于外国法律的引进与介绍，一些自由、平等、人权等法律精神、法律理念也传到了中国，从而推动了中国立法和司法过程的民主化和现代化的进程。从某种意义上说，领事裁判权制度在中国的实施在一定程度上推动了中国法制的现代化建设。
当然弊大于利，领事裁判权是近代中国在司法主权半殖民地化的一个标志。
它是列强通过其领事，依照本国法律对在另一国领土之上的本国侨民行使司法管辖权的制度，是列强经由一系列不平等条约强加给近代中国社会的沉重枷锁。
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